עבודת המחקר במולד היא ליבו הפועם של המכון. לאורך העשור האחרון, עיצבו חוקרות וחוקרי מולד תפיסת עולם פוליטית המשמשת בסיס לניתוח המשבר ההולך ומעמיק בחברה הישראלית באמצעות שורה של מחקרים ומאמרים. החל מבחינת שחיקת הברית המדינית-ביטחונית עם ארה"ב והמערב ("ברית במשבר", 2013), דרך חשיפת ערוצי המימון הציבורי של ההתנחלויות, הגרעינים התורניים ופעולות תג מחיר ("הקופה הסודית של הימין המתנחלי", 2014; "בכל מחיר", 2015), ועד בירור ההשלכות של רצח רבין על היחסים בין המחנות הפוליטיים ("מלחמת אחים", 2017).

לצד ניתוח הנטל הביטחוני של ההתנחלויות ("הביטחון הלאומי וההתנחלויות", 2017), שרטוט מתווה בטחוני להסדר ישראלי-פלסטיני ("ביטחון במציאות של שתי מדינות", 2020), והצעת מתווה ריאליסטי לפינוי התנחלויות ("פינוי אזרחי לא אלים", 2021), מולד היה מהגופים הראשונים שהתריעו מפני סכנות אשליית "ניהול הסכסוך" שקנתה אחיזה בימין ובמרכז הישראליים ("הקץ לאשליית ניהול הסכסוך", 2014). המכון חקר גם את השתלטות הימין הדתי על החינוך לערכים בבתי הספר הממלכתיים ("עושים נפשות", 2017), ניסח אלטרנטיבה להפיכה המשפטית ("המתווה הליברלי למערכת המשפט", 2023), והיה מהראשונים להעמיד דין וחשבון על התפיסות הפוליטיות שהביאו לאסון ה-7 באוקטובר ("קריסת הקונספציות", 2023).

כיום חוקרי מולד מאוגדים בשתי תוכניות מחקר המוקדשות להעדר הגבולות החיצוניים והפנימיים בישראל של ימינו: האחת ממשיכה את עיסוקנו ארוך השנים במקומה של ישראל במרחב הגיאופוליטי, בדגש על פתרון הסכסוך הישראלי-פלסטיני, ייצוב מעמדה של ישראל במרחב המזרח תיכוני, וביצור השתייכותה לגוש המערבי. השנייה אמונה על בעיות הזהות של מדינת ישראל כמדינת לאום יהודית שהיא גם דמוקרטיה ליברלית. בניגוד לתפיסה הרווחת לפיה יסודותיה היהודיים והדמוקרטיים של ישראל שרויים במתח מתמיד הדורש איזון ופשרות, אנו מציעים תפיסה ליברלית מעודכנת, המבוססת על היסודות האותנטיים של הציונות, לפיה מדינה יהודית היא מדינה דמוקרטית במהותה.